L’île, qui dépend administrativement du gouvernorat de Médenine, est située par la route à environ 500 kilomètres de Tunis et à plus de 100 kilomètres de Gabès.
De part et d’autre, deux avancées du continent rapprochent Jorf d’Ajim à l’ouest et Zarzi d’El Kantara à l’est. Vers le large, l’extension de la plage de Mezray (Sidi Mahrez) forme une presqu’ile,Ras R’mal, qui est l’un des sites touristiques importants de l’île. La superficie de l’île est voisine de 514 km2. Vue par image satellite, elle présente la forme d’une molaire géante avec ses trois racines : les péninsules d’Ajim, de Ras Terbella et de Bine El Oudiane; sa plus grande longueur est de 29,5 kilomètres et sa plus grande largeur de 29 kilomètres. Ses côtes, qui s’étendent sur 125 kilomètres, présentent un tracé très irrégulier. Les trois péninsules marquent les points les plus rapprochés du continent dont l’île est séparée par le canal d’Ajim, large de deux kilomètres, et celui d’El Kantara, large de six kilomètres. Le canal d’Ajim accueille deux îlots appelés Elgataia Kbira et Elgataia Sghira.
Jadis rattachée au continent, Djerba s’apparente beaucoup par la régularité de sa topographie et de sa structure géologique au relief tabulaire qui marque le littoral méridional de la Tunisie. L’île est plate, l’altitude moyenne y étant de 20 mètres et son point culminant, Dhahret Guellala, s’élevant dans sa partie méridionale à 53 mètres. À ce niveau, l’île est traversée par un accident topographique majeur (15 mètres de dénivellation sur 15 kilomètres de long). La topographie en escalier alterne des secteurs élevés et d’autres en dépression dont la surface est modelée par une morphologie lunaire.
Le littoral est caractérisé par des côtes basses, les plages, en grande majorité sablonneuses, s’étendant principalement entre Ras R’mal et Borj El Kastil. Gustave Flaubert nomme Djerba « Île aux Sables d’Or » à cause de leur sable fin et doré. L’eau douce est rare et il n’existe aucun cours d’eau. Djerba est entourée de hauts fonds — la bathymétrie à proximité de l’île est presque toujours inférieure à −10 m et l’isobathe de −5 m n’apparaît qu’au-delà d’une dizaine de kilomètres des côtes méridionale et septentrionale — toutefois perturbés au large de la côte méridionale par l’existence d’un certain nombre d’oueds (courants marins) qui sillonnent les canaux d’Ajim et d’El Kantara, les profondeurs dépassant à certains endroits les 20 mètres.